در ادامه این گزارش آمده است که مناسب است که اهداف، وظایف و اختیارات وزارتخانه‌های جدید مورد تأکید قرار گیرد. همچنین از مهم‌ترین موانع در مدیریت دولت دربخش حمل‌ونقل، جزیره‌ای عمل کردن زیربخش‌های جاده‌ای، ریلی، هوایی و دریایی در ایفای وظایف سیاست‌گذاری و تنظیم‌گری است. از این رو یکی از موضوعات ضروری که در فرایند اصلاح ساختار وزارتخانه حمل‌ونقل باید مورد توجه قرار گیرد، انتقال این وظایف از شرکت‌ها و سازمان‌های دولتی و یکپارچه و متمرکز ساختن آن در ستاد وزارت راه و شهرسازی است. این اقدام، در راستای اجرای تکالیف قانونی کوچک‌سازی تشکیلات دولتی بخش حمل‌ونقل نیز محسوب می‌شود. ضمن انکه تصریح بر تأمین بار مالی اجرای این قانون از طریق کاهش ساختار تشکیلاتی وزارتخانه‌های جدید و مؤسسات، سازمان‌ها و شرکت‌های تابعه آنها برای عدم مغایرت این قانون با اصل ۷۵ قانون اساسی لازم است.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس همچنین توضیح می‌دهد که لازم است پیش از اجرایی شدن تفکیک، به دولت یک مهلت زمانی برای تغییر و تعیین شرح وظایف وزارتخانه‌های جدید (موضوع تبصره ۱) داده شود. ضمن انکه با توجه به پیشینه ادغام که بخش راه و ترابری در بخش مسکن و شهرسازی ادغام گردید، پیشنهاد می‌شود به همین ترتیب به جای تفکیک دو وزارتخانه، بخش حمل‌ونقل از بخش مسکن و شهرسازی منتزع شود. همچنین مبنای طرح، مقدمه و دلایل توجیهی بر یکپارچگی مدیریت در حوزه مسکن، شهرسازی، مدیریت شهری و حمل و نقل درون و برون شهری بنا نهاده شده و انتظار می‌رود این مهم در عنوان وزارتخانه‌های جدید منعکس گردد.
در ادامه توضیحات گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس تصریح شده است که با توجه به سنگینی وظایف وزارت راه و شهرسازی و دلایل یاد شده در بخش ضرورت طرح در رابطه با تجربیات داخلی و خارجی، وجود وزارتخانه مجزا برای بخش حمل‌ونقل، شرط لازم برای جدی شدن پیشبرد برنامه‌ها و تکالیف پیشران و ضروری اما سنگین این حوزه – خصوصاً در قانون برنامه هفتم – ارزیابی می‌شود که نشان دهنده عزم دولت و مجلس برای بیشتر شدن توجه به این حوزه برای رفع مشکلات حمل‌ونقل و حضور موثر و جدی در عرصه راهگذرهای بین‌المللی است. همچنین با تصویب قانون برنامه پنجساله هفتم پیشرفت، قانون برنامه پنجساله ششم توسعه ساقط شده و قابلیت استناد ندارد. ضمن آنکه سنجه‌های کمی عملکردی نظام اداری در ماده ۱۰۴ و بند «الف» ماده ۱۰۵ کاملتر از بند «الف» ماده ۲۸ قانون برنامه ششم توسعه است.
همچنین تبصره۱ به این گونه اصلاح شود؛ دولت موظف است حداکثر ظرف شش ماه از تاریخ لازم‌الاجرا شدن این قانون، اقدام قانونی لازم را به شرح ذیل انجام دهد؛ تغییرات در شرح وظایف، اهداف و اختیارات هر یک از وزارتخانه‌های جدید و موسسات، سازمان‌ها و شرکت‌های تابعه را با رویکرد متمرکزسازی نقش‌های سیاست‌گذاری و تنظیم‌گری و همچنین تجمیع حوزه‌های فعالیت اصلی هر یک از وزارتخانه‌ها شامل مسکن، شهرسازی و مدیریت شهری، توسعه منطقه‌ای، حمل‌ونقل درون و برون شهری، آماد و پشتیبانی (لجستیک)؛ همچنین تبصره ۲ نیز به این شکل اصلاح شود: کلیه نیروی‌انسانی، امکانات و اموال مورد نیاز وزارتخانه‌های «مسکن، شهرسازی و مدیریت شهری» و «حمل‌ونقل» از نیروی انسانی، امکانات و اموال وزارت راه و شهرسازی و مؤسسات، سازمان‌ها و شرکت‌های تابعه آنها تأمین می‌شود.
براساس این گزارش با توجه به گذشت ۱۳ سال از زمان ادغام، پیش‌بینی می‌شود بازگشت به ساختار پیشین که خود به دهه‌ها قبل باز می‌گردد انطباقی با شرایط روز و چشم‌انداز تحولات و تغییرات بین‌المللی ندارد، منطقی و موثر نباشد. لذا انتظار می‌رود با یک بازسازماندهی، تمرکز و یکپارچه‌سازی در حوزه‌های مدیریتی، مزایای مضاعفی در بهره‌وری و تمرکز مدیریت و فرماندهی بخشی ایجاد تا با وجود تبعات ذاتی کوتاه مدت، تغییرات ساختاری در محیط اداری و منابع انسانی در حین فرایند تفکیک جبران شود.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس تصریح می‌کند که مبتنی بر پژوهش‌های جاری دفتر مطالعات زیربنایی مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی در تجارب جهانی، تحولات و نگرش‌های روز و آینده در وظایف، ماموریت‌ها، عناوین، معاونت‌ها و مدیریت‌ها منعکس گردد. همچنین ادغام صورت پذیرفته در سال ۱۳۹۰ هم‌افزایی‌های محتوایی و فرایندی و آثار مثبت بین دو حوزه مسکن و شهرسازی و حمل‌ونقل نیز به همراه داشته که البته به نظر می‌رسد الزاماً این آثار و هم‌افزایی با تفکیک اصولی مبتنی بر بازآرایی و بازسازماندهی از دست نخواهد رفت. ضمن اینکه مبتنی بر بررسی طیف نظرات کارشناسی بر مبنای حوزه‌های فعالیت، مخالفت با تداوم وضع موجود وزارتخانه در بدنه کارشناسی رشته و حرفه و بخش خصوصی در حوزه حمل‌ونقل بیشتر و در حوزه مسکن و شهرسازی کمتر است.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس می‌افزاید موافقان این طرح بر این باورند که تفکیک حوزه‌های «راه و ترابری» و «مسکن و شهرسازی» می‌تواند به مدیریت تخصصی‌تر و تمرکز بر چالش‌های خاص هر حوزه و ارتقای عملکرد و کاهش معضلات بحرانی هر حوزه منجر شود. از سوی دیگر، مخالفان تفکیک نگرانی‌هایی را درباره افزایش هزینه‌های اجرایی و فشار بر بودجه عمومی و تبعات احتمالی و اقتضائات زمانی جاری مطرح می‌کنند. آنها معتقدند فرآیند تفکیک خود می‌تواند زمان‌بَر و با چالش‌های اجرایی و حتی تبعات منفی متعدد همراه باشد که بر روند جاری عملکرد در حوزه کاری تأثیر منفی خواهد گذاشت.
به گزارش گروه اقتصادی ایرنا به نقل از مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی، دفتر مطالعات زیربنایی این مرکز در اظهارنظر کارشناسی خود درباره: «طرح تفکیک وزارت راه و شهرسازی» با بیان اینکه ادغام وزارت راه و ترابری در وزارت مسکن و شهرسازی در سال ۱۳۹۰ به اذعان قریب به اتفاق صاحب‌نظران کارشناسی نبوده است، آورده که حال با گذشت ۱۳ سال سودمندی تفکیک یا تداوم وضع موجود و یا بازساماندهی و تمرکز و یکپارچگی حوزه‌های بخشی مورد بحث صاحب نظران قرار دارد.
همچنین در این گزارش در خصوص نقاط ضعف طرح تفکیک وزارت راه و شهرسازی، با بیان این مورد که دلایل یک فوریتی بودن طرح بیان نشده، عنوان شده است که الزام به تفکیک و تشکیل وزارتخانه‌های جدید پیش از تعیین تکلیف در خصوص شرح وظایف و مأموریت‌ها مناسب نیست. معطل ماندن دو وزارتخانه پس از تفکیک بدون مشخص بودن شرح وظایف و منتظر ماندن تا ۶ ماه برای تعیین تکلیف از طریق لایحه دولت خلاف نظام اداری صحیح بوده و لذا مغایر با بند ۱۰ اصل «۳» است. ضمن انکه علیرغم آنکه در مقدمه و دلایل توجیهی به تمرکز و یکپارچگی موضوعات مسکن و شهرسازی و مدیریت شهری پرداخته شده، لیکن در ماده واحده و تبصره‌ها این مهم که به نظر از مهم‌ترین دستاوردهای تفکیک است، مشاهده نمی‌شود.
در این گزارش عنوان شده است که با رعایت بند «د» ماده ۲۹ قانون مدیریت و خدمات کشوری، مجموع پست‌های دو وزارتخانه جدید از کل پست‌های وزارت راه و شهرسازی کمتر خواهد شد که در راستای کوچک‌سازی تشکیلات دولت است. ضمن انکه لفظ «راه» در عنوان وزارت «راه و ترابری» شامل تمام زیرساخت‌های بخش حمل‌ونقل مثل راه‌آهن، فرودگاه‌ها و بنادر نمی‌شود. لذا پیشنهاد می‌شود مانند سایر کشورهای دنیا، صرفاً لفظ عام «حمل‌ونقل» در نام وزارتخانه به کار برده شود که شامل کلیه امور مربوط به احداث زیرساخت‌های شبکه، توسعه و نوسازی ناوگان و فعالیت‌های بخش حمل‌ونقل و لجستیک می‌شود و در ادبیات علمی و حقوقی نیز رایج‌تر است. همچنین درباره جایگاه سازمانی سازمان‌ها، مؤسسات و شرکت‌های دولتی وابسته یا تابعه وزارتخانه‌های جدید حکمی انشا نشده؛ لذا لازم است این موضوع تعیین تکلیف شود. پیشنهاد می‌شود مؤسسات دولتی تابعه وزارت راه و شهرسازی نیز مشمول این حکم شوند.
نقاط قوت و ضعف طرح
در نهایت باید از بازگشت به فرآیندهای اداری اضافی و اصلاح ساختارهای ناکارآمد که منجر به افزایش بروکراسی، سرگردانی پروژه‌ها و در نهایت بزرگ شدن دولت می‌شود، جلوگیری شود.